منابع تحقیق درباره انفورماتیک، حالت طبیعی، نرم افزار

الحاق…………………………………………………………………………………………………………..۴۵
۲-۱۸- واکنش کلنی PCR……………………………………………………………………………………………………………………..45
۲-۱۸-۱- روش انجام واکنش کلنی- PCR………………………………………………………………………………………………..45
۲-۱۹- تعیین توالی ژن rice-nsLTP2……………………………………………………………………………………………………..47
۲-۲۰-مطالعات بیوانفورماتیکی…………………………………………………………………………………………………………………۴۷
۲-۲۰-۱-نرم افزار ها و سرورهای مورد استفاده…………………………………………………………………………………………….۴۷
۲-۲۰-۲-برر سی توالی nsLTP2…………………………………………………………………………………………………………….48
۲-۲۰-۳-بررسی هیدروفوبیسیته یnsLTP2 برنج ایرانی………………………………………………………………………………۴۹
۲-۲۰-۴-بررسی خاصیت آنتی ژنیسیتی nsLTP2 برنج ایرانی ……………………………………………………………………….۵۰
۲-۲۰-۵-Molecular Docking………………………………………………………………………………………………………….51
فصل سوم:نتایج
۳-۱-استخراج ناقل های pET26b و pUC57 با روش لیز قلیایی ………………………………………………………………۵۲
۳-۲-نتایج هضم آنزیمی ناقل pET26b وقطعه ی nsLTP2 جهش یافته……………………………………………………….۵۳
۳-۳-نتایج خالص سازی از ژل………………………………………………………………………………………………………………….۵۴
۳-۴-واکنش الحاق………………………………………………………………………………………………………………………………..۵۵
۳-۵-ترانسفورماسیون ناقل pET26b نوترکیب ایجاد شده…………………………………………………………………………..۵۶
۳-۶-غربالگری ناقل های pET26b حاوی ژن nsLTP2 جهش یافته…………………………………………………………..۵۷
۳-۶-۱-واکنش کلنی-PCR…………………………………………………………………………………………………………………..57
۳-۶-۲-نتایج استخراج ناقل های pET26b نوترکیب…………………………………………………………………………………۵۸
۳-۶-۳- نتایج هضم آنزیمی ناقل نوترکیب…………………………………………………………………………………………………۵۹
۳-۶-۴-نتایج تعیین توالی قطعه ی وارد شده به ناقل pET26b………………………………………………………………………60
۳-۷-نتایج بخش بیوانفورماتیک………………………………………………………………………………………………………………..۶۱
۳-۷-۱- بررسی ساختار اول پروتئین nsLTP2 برنج …………………………………………………………………………………..۶۱
۳-۸- جهش زایی پروتئین nsLTP2 برنج ایرانی و Molecular Docking…………………………………………………67
فصل چهارم:بحث و نتیجه گیری
۴-۱ -کلیات…………………………………………………………………………………………………………………………………………۶۸
۴-۲- مقایسهnsLTP2 و nsLTP1 ……………………………………………………………………………………………………….69
۴-۳- سنتز ژن جهش یافته nsLTP2 گیاه برنج ایرانی ………………………………………………………………………………….۷۰
۴-۴ -همسانه سازی ژن جهش یافته ی nsltp2 برنج ایرانی……………………………………………………………………………..۷۱
۴-۵- بررسی نوع وحشی و جهش یافته nsLTP2 گیاه برنج ایرانی…………………………………………………………………..۷۱
۴-۶- بررسی خاصیت آنتی ژنیسیتی nsLTP2 گیاه برنج ایرانی………………………………………………………………………۷۲
۴-۷- نتیجه گیری کلی…………………………………………………………………………………………………………………………….۷۴
۴-۸- پیشنهادات جهت تحقیقات آینده……………………………………………………………………………………………………….۷۵
فهرست شکل ها
عنوان صفحه
شکل۱-۱-تصویر شماتیک ناحیه ی کد کننده ی ژنLTP2 گیاه برنج ایرانی………………………………………………………۵
شکل۱-۲-بررسی توالی nsLTP1 و nsLTP2 در برخی از گیاهان……………………………………………………………….۵
شکل۱-۳-الگوی تشکیل چهار نوع پیوند دی سولفیدی در دو نوع LTP موجود در گیاه برنج………………………………۶
شکل۱-۴-توالی و ساختار LTP1………………………………………………………………………………………………………………8
شکل ۱-۵-توالی و ساختار LTP2…………………………………………………………………………………………………………….9
شکل۱-۶-نمای کلی از وجود ساختار های ثانویه ی آلفا هلیکس در ساختار LTP1 و LTP2……………………………..9
شکل ۱-۷-تطابق اسید آمینه ای آلرژن های LTP……………………………………………………………………………………….12
شکل۱-۸-برهمکنش ترکیبات مختلف از جمله کلسترول وانواع LTP ،………………………………………………………….۱۶
شکل۲-۱-دیاگرام شماتیک نقشه ی ژنتیکی pET26b………………………………………………………………………………..22
شکل ۲-۲-دیاگرام شماتیک نقشه ی ژنتیکی pUC57…………………………………………………………………………………23
شکل۲-۳-توالی ژنی طراحی شده ی nsLTP2 برنج ایرانی…………………………………………………………………………..۲۴
شکل۲-۴-اندازه نمایDNA…………………………………………………………………………………………………………………..35
شکل۲-۵-نمایی شماتیک از واکنش ترانسفورماسیون…………………………………………………………………………………..۴۰
شکل۳-۱-نتایج استخراج ناقل با کیت استخراج پلازمید شرکت بیوبیسیک……………………………………………………….۵۳
شکل۳-۲-نتایج هضم آنزیمی…………………………………………………………………………………………………………………..۵۴
شکل۳-۳-بررسی کیفیت قطعات استخراج شده از ژل…………………………………………………………………………………..۵۵
شکل ۳-۴-نتایج تهیه ی سلول های مستعد………………………………………………………………………………………………….۵۶
شکل۳-۵-نتایج ترانسفورماسیون ناقل pET26b…………………………………………………………………………………………57
شکل ۳-۶-نتیجه ی کلونی- PCR ………………………………………………………………………………………………………..58
شکل ۳-۷-استخراج ناقل pET26b نوترکیب……………………………………………………………………………………………۵۹
شکل۳-۸-بررسی هضم آنزیمی ناقل نوترکیب…………………………………………………………………………………………….۶۰
شکل۳-۹-نتیجه ی توالی یابی جهش های F39A و L28A ……………………………………………………………………..61
شکل۳-۱۰-بخش های غشاء گذر و هیدروفوب پروتئین nsLTP2 با روش TMHMM………………………………….63
شکل۳-۱۱-نواحی هیدروفوب توالی پروتئینی nsLTP2 با روش Sliding Widow……………………………………….64
شکل ۳-۱۲-. میانگین میزان آنتی ژنیسیته ی آمینو اسید های توالی پروتئینی nsLTP2 در حالت طبیعی………….۶۵
شکل۳-۱۳- میانگین میزان آنتی ژنیسیته ی آمینو اسید های توالی پروتئینی nsLTP2 در توالی جهش یافته………………….۶۵
شکل۳-۱۴- ساختار شیمیایی LysoPC14 ……………………………………………………………………………………………..67
فهرست جدول ها
عنوان صفحه
جدول۱-۱- ساختار های LTP1 بررسی شده به وسیله ی NMR و کریستالوگرافی اشعه ی X……………………………7
جدول ۲-۱-تجهیزات و دستگاه های مورد استفاده……………………………………………………………………………………….۱۹
جدول۲-۲- فهرست مواد مور

این نوشته در No category ارسال شده است. افزودن پیوند یکتا به علاقه‌مندی‌ها.

دیدگاهتان را بنویسید